皮蛋形成溏心主要是由于在制作过程中，蛋白质发生了一系列的生物化学反应。当鲜蛋蛋白中所含的氢氧化纳的浓度达到2%——3%时，蛋白就会发生凝固。同时，食盐的作用主要是调味，抑制有害微生物的生长繁殖，还能促进蛋白凝固和蛋黄形成溏心。
所谓的“溏心”是指皮蛋的蛋黄中心尚未凝固的软粘部分，这个中心未凝固部分的直径在10 mm～20 mm的为一般溏心，直径大于20 mm的为大溏心，直径小于10 mm的为小溏心。有些人可能会对这种特性有所疑惑，但其实并不是所有人都认为溏心的皮蛋更好吃。
总的来说，皮蛋形成溏心的过程涉及到许多复杂的化学变化和工艺操作，这也是为什么不同品牌和类型的皮蛋在口感和风味上存在差异的原因。
