南京这个名字源自于明朝，当时的都城是北京，而南京则是“南部的京城”。在历史上，中国有多京制的现象，为了区分不同的都城，会根据其方位称为某京或某都。例如，唐初只有一都，京师就是长安的专名，当演变为比较稳定的两都后，京师就改称西京，专指长安，又以东都专指洛阳。
明朝实行了“南北两京制”，所以南京在整个明朝都是正式首都。这一时期，北京其实是南京的复制品。《明实录》上对明成祖朱棣营造北京城有这样的记载：“癸亥初，营建北京，凡庙社、宫殿、门阙，规制悉如南京”。因此，南京这个名字得以保留，并在不同历史时期有所变化。
